Начало Каталог Помощ
Вход
studen
/
dynamicSPECT
1
0
Разклонения 0
Файлове Задачи 0 Заявки за сливане 0 Уики
ИН на ревизия: 985248eb9f
Клонове Маркери
dynamicSPECT
/
pythonScripts
Andrej Studen@Labkey-KNM 985248eb9f Changing loops in doPixelAnalysis преди 1 година
..
README.md bbe9982a4c Adding test.py slicer script преди 1 година
analysis.py a65f79315e Adjusting to NRRD based segmentations преди 1 година
analyze.ipynb 345e0bdcec Minor updates to scripts, config file is also used in vangogh mode преди 1 година
assignOrthancStudy.ipynb c50c321b24 Adding helper script for sorting data преди 1 година
calculateCenters.py e556aa5b32 Adding update status function to report progress преди 1 година
calculateK1.ipynb 1440d682a0 Adding scripts преди 3 години
clusterAnalysis.ipynb 87d8bfd583 validating summaryIVF преди 1 година
clusterAnalysisLeftovers.ipynb c317e06d8d Version that produced results sent in email to Luka, Oct 28th 2022. преди 2 години
config.py 86ae324590 Adding IVF plot of fits to batch of files to be stored in database преди 1 година
doAnalysis.py a4028e9849 Minor corrections to doAnalysis преди 1 година
doPixelAnalysis.py 985248eb9f Changing loops in doPixelAnalysis преди 1 година
doSummary.py 6f536a609c operable doSummary.py преди 1 година
downloadPatient.py 1440d682a0 Adding scripts преди 3 години
generateCenters.ipynb fde4aa8d47 Up to generate centers, including matlab files преди 2 години
getData.py b83c9bf7f6 getData to handle potential subdirectory at remote location преди 1 година
parseDicom.py 9941f28c57 Adding convertToNRRD.py script преди 2 години
pixelAnalysis.ipynb c317e06d8d Version that produced results sent in email to Luka, Oct 28th 2022. преди 2 години
plotK1.ipynb 9941f28c57 Adding convertToNRRD.py script преди 2 години
plotPolar.ipynb c317e06d8d Version that produced results sent in email to Luka, Oct 28th 2022. преди 2 години
plotViews.ipynb 1440d682a0 Adding scripts преди 3 години
segmentation.ipynb 15edb29494 Update to jupyter преди 1 година
segmentation.py a65f79315e Adjusting to NRRD based segmentations преди 1 година
selectCenters.ipynb 1440d682a0 Adding scripts преди 3 години
statAnalysis.ipynb 1440d682a0 Adding scripts преди 3 години
table.ipynb 1440d682a0 Adding scripts преди 3 години
vtkInterface.py 9941f28c57 Adding convertToNRRD.py script преди 2 години

README.md

Instructions

Look at `clusterAnalysis.ipynb' for a step by step algorithm.

The only required files for analysis are:

  • ../slicerScripts/convertToNRRD.py
  • analysis.py
  • segmentation.py
  • getData.py
  • config.py
  • segmentation.ipynb
  • clusterAnalysis.ipynb

The rest are for backup only.