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Andrej 52c2ff00fa Slight changes in assingFromDate and changing from getSeries to setSeries in assignOrthancStudy.ipynb 1 년 전
..
README.md bbe9982a4c Adding test.py slicer script 2 년 전
analysis.py 8d8c79e32b Updating analysis.py to work with modified version of segmentation.py 1 년 전
analyze.ipynb 345e0bdcec Minor updates to scripts, config file is also used in vangogh mode 2 년 전
assignOrthancStudy.ipynb 52c2ff00fa Slight changes in assingFromDate and changing from getSeries to setSeries in assignOrthancStudy.ipynb 1 년 전
calculateCenters.py e556aa5b32 Adding update status function to report progress 1 년 전
calculateK1.ipynb 1440d682a0 Adding scripts 3 년 전
clusterAnalysis.ipynb 87d8bfd583 validating summaryIVF 2 년 전
clusterAnalysisLeftovers.ipynb c317e06d8d Version that produced results sent in email to Luka, Oct 28th 2022. 2 년 전
config.py f845223d25 Resolving merge errors in getData.py 1 년 전
doAnalysis.py a4028e9849 Minor corrections to doAnalysis 1 년 전
doPixelAnalysis.py 985248eb9f Changing loops in doPixelAnalysis 1 년 전
doSummary.py 6f536a609c operable doSummary.py 2 년 전
downloadPatient.py 1440d682a0 Adding scripts 3 년 전
generateCenters.ipynb fde4aa8d47 Up to generate centers, including matlab files 2 년 전
getData.py f845223d25 Resolving merge errors in getData.py 1 년 전
parseDicom.py 9941f28c57 Adding convertToNRRD.py script 2 년 전
pixelAnalysis.ipynb c317e06d8d Version that produced results sent in email to Luka, Oct 28th 2022. 2 년 전
plotK1.ipynb 9941f28c57 Adding convertToNRRD.py script 2 년 전
plotPolar.ipynb c317e06d8d Version that produced results sent in email to Luka, Oct 28th 2022. 2 년 전
plotViews.ipynb 1440d682a0 Adding scripts 3 년 전
segmentation.ipynb 15edb29494 Update to jupyter 2 년 전
segmentation.py 8d8c79e32b Updating analysis.py to work with modified version of segmentation.py 1 년 전
selectCenters.ipynb 1440d682a0 Adding scripts 3 년 전
statAnalysis.ipynb 1440d682a0 Adding scripts 3 년 전
table.ipynb 1440d682a0 Adding scripts 3 년 전
vtkInterface.py 9941f28c57 Adding convertToNRRD.py script 2 년 전

README.md

Instructions

Look at `clusterAnalysis.ipynb' for a step by step algorithm.

The only required files for analysis are:

  • ../slicerScripts/convertToNRRD.py
  • analysis.py
  • segmentation.py
  • getData.py
  • config.py
  • segmentation.ipynb
  • clusterAnalysis.ipynb

The rest are for backup only.