studen/irAEMM

Andrej Studen @ VBOX 7dad40c53c Removing minor errors in NPZ routines		vor 6 Monaten
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README.md	0ea84c60d5 Changing README to md format, allowing pre-configured path for model in testConfig	vor 1 Jahr
addSegmentations.py	3dec2cb5da Update add segmentations	vor 3 Jahren
anonymizeImages.py	ae65c9190e Updates	vor 4 Jahren
anonymizeImagesNIfTI.py	53fb46eaa9 Updating to recent version	vor 4 Jahren
anonymizeSegmentations.py	05fa966798 Recent updates	vor 3 Jahren
copyAnonymizedDataset.py	5c691d080a Adding copyAnonymizedDataset.py	vor 1 Jahr
copyAnonymizedImagesToOrthanc.py	1f7661b703 Adding database management routines	vor 3 Jahren
copyToOrthanc.py	1fd9314ca6 Initial import	vor 4 Jahren
fillClinicalDataInternational.ipynb	90b4734ea6 Adding iypnb jupyter scripts for database manipulation	vor 3 Jahren
findCandidatesForSchedule.py	d027e88d51 Adding findCandidatesForSchedule.py	vor 2 Jahren
generateFigures.py	04a1454e76 Robustifying for missing images, mismatches, etc.	vor 2 Jahren
generateNPZ.ipynb	7dad40c53c Removing minor errors in NPZ routines	vor 6 Monaten
generateNPZ.py	7dad40c53c Removing minor errors in NPZ routines	vor 6 Monaten
getImages.py	1fd9314ca6 Initial import	vor 4 Jahren
iraemmUploadTestPatients.ipynb	90b4734ea6 Adding iypnb jupyter scripts for database manipulation	vor 3 Jahren
makeAnonymizeLinks.py	1fd9314ca6 Initial import	vor 4 Jahren
makeAnonymizedDataset.py	1f7661b703 Adding database management routines	vor 3 Jahren
modifyDataset.py	e452adcbb8 Adding recent scripts, particularly generateFigures.py and updates to segmentationIRAEMM_ONKO.json	vor 2 Jahren
modifyPatients.py	1f7661b703 Adding database management routines	vor 3 Jahren
organ_percentile.py	f50a92ad9c Expanding analysis to additional segmentations in organ_percentile	vor 1 Jahr
parseNPZ.py	7dad40c53c Removing minor errors in NPZ routines	vor 6 Monaten
populateImagingFromOrthanc.py	07478c6846 Making populateImagingFromOrthance.py use Analysis/Run infrastructure	vor 3 Jahren
populateImagingFromTransferList.py	f045cc682d Correcting a dangling if clause in populateImagingFromTransferList.py	vor 2 Jahren
preprocess.py	04a1454e76 Robustifying for missing images, mismatches, etc.	vor 2 Jahren
runPython.sh	1cb816f9f9 Merge to core	vor 2 Jahren
runPythonnnUNet.sh	f1c4e7b732 Adding un-buffer flag to python for uptodate output	vor 2 Jahren
runSegmentationDM.py	6ddf9fcc67 Adding entry filter to allow for selection in processing, also, debug parameter in template stops processing after the first entry	vor 1 Jahr
runSegmentationnnUNet.py	04a1454e76 Robustifying for missing images, mismatches, etc.	vor 2 Jahren
test.py	43c785d716 Adding test.py script	vor 3 Jahren

Run with ./runPython.sh script.py

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