studen/irAEMM @ 23b4d03e1e7ffb33d8d945c212060c4586ad2e44

NIX User 23b4d03e1e Merge branch 'master' of wiscigt.powertheword.com:oil/iraemm		před 3 roky
..
README	53fb46eaa9 Updating to recent version	před 4 roky
addSegmentations.py	3dec2cb5da Update add segmentations	před 4 roky
anonymizeImages.py	ae65c9190e Updates	před 4 roky
anonymizeImagesNIfTI.py	53fb46eaa9 Updating to recent version	před 4 roky
anonymizeSegmentations.py	05fa966798 Recent updates	před 3 roky
copyAnonymizedDataset.py	1f7661b703 Adding database management routines	před 4 roky
copyAnonymizedImagesToOrthanc.py	1f7661b703 Adding database management routines	před 4 roky
copyToOrthanc.py	1fd9314ca6 Initial import	před 4 roky
fillClinicalDataInternational.ipynb	90b4734ea6 Adding iypnb jupyter scripts for database manipulation	před 3 roky
findCandidatesForSchedule.py	d027e88d51 Adding findCandidatesForSchedule.py	před 3 roky
generateFigures.py	e452adcbb8 Adding recent scripts, particularly generateFigures.py and updates to segmentationIRAEMM_ONKO.json	před 3 roky
getImages.py	1fd9314ca6 Initial import	před 4 roky
iraemmUploadTestPatients.ipynb	90b4734ea6 Adding iypnb jupyter scripts for database manipulation	před 3 roky
makeAnonymizeLinks.py	1fd9314ca6 Initial import	před 4 roky
makeAnonymizedDataset.py	1f7661b703 Adding database management routines	před 4 roky
modifyDataset.py	e452adcbb8 Adding recent scripts, particularly generateFigures.py and updates to segmentationIRAEMM_ONKO.json	před 3 roky
modifyPatients.py	1f7661b703 Adding database management routines	před 4 roky
organ_percentile.py	c7f8174426 Adding organ_percentile calculation, runs with segmentation.json	před 3 roky
populateImagingFromOrthanc.py	07478c6846 Making populateImagingFromOrthance.py use Analysis/Run infrastructure	před 4 roky
populateImagingFromTransferList.py	56800cacc0 Skipping images already resolved in populateImagingFromTransferList	před 3 roky
preprocess.py	0cb3f65861 Adding comments and redirecting gzip to setup.json indicated binary in preprocess.py	před 3 roky
runPython.sh	1cb816f9f9 Merge to core	před 3 roky
runPythonnnUNet.sh	f1c4e7b732 Adding un-buffer flag to python for uptodate output	před 3 roky
runSegmentationDM.py	9ae439d111 Adding segmentation configuration files	před 3 roky
runSegmentationnnUNet.py	d18ee3ff86 Correcting spelling error	před 3 roky
test.py	43c785d716 Adding test.py script	před 3 roky

		
				README
			
				Run with ./runPython.sh script.py