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Andrej Studen e452adcbb8 Adding recent scripts, particularly generateFigures.py and updates to segmentationIRAEMM_ONKO.json hace 3 años
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README 53fb46eaa9 Updating to recent version hace 4 años
addSegmentations.py 3dec2cb5da Update add segmentations hace 4 años
anonymizeImages.py ae65c9190e Updates hace 4 años
anonymizeImagesNIfTI.py 53fb46eaa9 Updating to recent version hace 4 años
anonymizeSegmentations.py 05fa966798 Recent updates hace 3 años
copyAnonymizedDataset.py 1f7661b703 Adding database management routines hace 4 años
copyAnonymizedImagesToOrthanc.py 1f7661b703 Adding database management routines hace 4 años
copyToOrthanc.py 1fd9314ca6 Initial import hace 4 años
fillClinicalDataInternational.ipynb 90b4734ea6 Adding iypnb jupyter scripts for database manipulation hace 3 años
findCandidatesForSchedule.py d027e88d51 Adding findCandidatesForSchedule.py hace 3 años
generateFigures.py e452adcbb8 Adding recent scripts, particularly generateFigures.py and updates to segmentationIRAEMM_ONKO.json hace 3 años
getImages.py 1fd9314ca6 Initial import hace 4 años
iraemmUploadTestPatients.ipynb 90b4734ea6 Adding iypnb jupyter scripts for database manipulation hace 3 años
makeAnonymizeLinks.py 1fd9314ca6 Initial import hace 4 años
makeAnonymizedDataset.py 1f7661b703 Adding database management routines hace 4 años
modifyDataset.py e452adcbb8 Adding recent scripts, particularly generateFigures.py and updates to segmentationIRAEMM_ONKO.json hace 3 años
modifyPatients.py 1f7661b703 Adding database management routines hace 4 años
organ_percentile.py c7f8174426 Adding organ_percentile calculation, runs with segmentation.json hace 3 años
populateImagingFromOrthanc.py 07478c6846 Making populateImagingFromOrthance.py use Analysis/Run infrastructure hace 4 años
populateImagingFromTransferList.py 7df6a921f2 Updating populateImageFromTransferList to update failureStatus hace 3 años
preprocess.py 0cb3f65861 Adding comments and redirecting gzip to setup.json indicated binary in preprocess.py hace 3 años
runPython.sh 1cb816f9f9 Merge to core hace 3 años
runPythonnnUNet.sh f1c4e7b732 Adding un-buffer flag to python for uptodate output hace 3 años
runSegmentationDM.py 9ae439d111 Adding segmentation configuration files hace 3 años
runSegmentationnnUNet.py d18ee3ff86 Correcting spelling error hace 3 años
test.py 43c785d716 Adding test.py script hace 3 años

README

Run with ./runPython.sh script.py